Historicamente, as relações entre a Igreja Católica e o Estado/governo dos países tiveram várias situações. De fato, já no Império Romano, que de início proibia o Cristianismo e perseguia a Igreja, houve a mudança para a situação oposta, progressivamente, até o Cristianismo ser oficialmente a religião do Império: o primeiro passo, em 313, foi o Edito de Milão, que permitiu a liberdade religiosa a todos os tipos de culto, incluindo a Igreja. Com este reconhecimento jurídico, os cristãos, não mais perseguidos, logo se tornaram muito numerosos, e finalmente, em 380, o imperador bizantino Teodósio I tornou o Cristianismo a religião oficial do Estado. Após a queda do Império Romano e no período das invasões bárbaras, a Europa passou por grandes transformações; neste momento histórico, com as instituições governamentais deterioradas e os desmandos dos invasores, a Igreja se tornou o único bastião com organização e reconhecimento moral para sustentar as sociedades europeias, também no que diz respeito às questões de Estado. Esta é a origem da influência da Igreja nas nações Católicas europeias, a partir da Idade Média.

Contudo, a estreita união administrativa entre governos e Igreja, ao longo do tempo, foi sofrendo deturpações várias, uma delas, e talvez a mais prejudicial, sendo o abuso do braço estatal que, extrapolando de suas atribuições, passou a ter ingerência no governo da própria Igreja – por exemplo, os reis escolhiam bispos e cardeais, muitas vezes na figura de pessoas que nem sequer vocação religiosa tinham, apenas por interesses políticos que pretendiam apoiar através do prestígio da Igreja. Este tipo de situação muito prejudicou a imagem da Igreja, até hoje injustamente condenada como responsável por erros do poder civil (por exemplo em questões da Inquisição).

Seja como for, a Igreja possuía realmente muitos territórios e atividade no governo civil, e já em 754, pelo Tratado de Quiercy, recebeu doações de até 44 mil km2. Ao longo do tempo, porém, as disputas entre os reinos europeus, e finalmente a Reunificação da Itália (1870) acabaram por reduzir drasticamente o território dos chamados Estados Pontifícios. Pelo Tratado de Latrão, em 1929, a Itália reconhece a soberania da Santa Sé sobre o Vaticano, declarado-o Estado soberano, neutro e inviolável. O atual Estado do Vaticano possui aproximadamente 0,44 km², sendo a menor entidade territorial do mundo administrada por um Estado.

Até aqui, História. Mas, o fundamental é que de fato existe a necessidade do Vaticano ter independência territorial e administrativa, pois, se por um lado a Igreja – Corpo Místico de Cristo – tem sua principal função e autoridade na área espiritual, por outro se manifesta concretamente na vida física dos seres humanos, e nos seus desdobramentos. Como mencionado acima, a indesejável ingerência de outro Estado na Igreja, historicamente e inevitavelmente, traz conflitos prejudiciais a ambos, sendo por isso necessária a autonomia, também administrativa, temporal e jurídica da Santa Sé. Por isso, além de Vigário de Cristo na Terra, o Santo Papa é também, por direito, Chefe de Estado, sendo legitimamente recebido nesta qualidade, mesmo em nações não católicas ou não cristãs.