Nessa ocasião, essa área pertencia à Paróquia Nossa Senhora da Glória, cujo pároco era o franciscano Frei Dídimo e, posteriormente, o Frei Hans Stapel. O então Arcebispo Dom Geraldo Maria de Morais Penido através de  decreto, emitido a 13 de janeiro de 1991, criou a Paróquia São Francisco de Assis, constituindo o Pe. José Ferreira da Silva como seu primeiro pároco.

Outros padres passaram pela Paróquia, exercendo o ministério pastoral. O Pe. José Ferreira ficou até 23/02/1997; citamos os padres: Renato da Silva Leite Filho, que logo depois transferiu-se para outra diocese;  Reginaldo Joaquim José da Trindade, de 08/1994 a 02/1997, e novamente de 01/2011 a 07/2012; Carlos Afonso Cavalcante Rodrigues, de 02/1997 a 05/2003; João de Souza Brito, de 02/1998 a 12/2003; e Roberto Lourenço da Silva, de 05/2003 a 01/2011.

Atualmente estão no comando da Paróquia de São Francisco os Padres Matusalém  Gonçalves dos Santos, desde 05/07/2012, e Renan Rangel dos Santos Pereira, desde 10/08/2015.

Agora a área da Paróquia de São Francisco de Assis abrange os bairros: Parque São Francisco I e II; Santa Clara, Vila dos Comerciários I e II; Vila Municipal I e II; Jardim França I e II, Parque das Árvores, Jardim Rony e Santa Luzia. A população total estimada passa dos 20 mil habitantes. Em todos esses locais já foram realizadas Missões Populares, com visitas às casas.

Registre-se que, da Paróquia São Francisco, já foi desmembrada uma grande a área constituída dos bairros Pingo de Ouro, Parque das Garças, Pedrinha e várias Comunidades rurais, algumas delas localizadas na subida da Serra da Mantiqueira, formando a nova Paróquia Nossa Senhora das Graças.

Na Paróquia São Francisco diversas pastorais, movimentos e associações religiosas levam adiante a obra da evangelização, a saber: Catequese de Iniciação Cristã e Perseverança (Batismo, Primeira Eucaristia, Perseverança e Crisma); Liturgia (Ministros da Comunhão, Leitores, Corinhas e Acólitos, Canto); Família (Pré e Pós Matrimonial, Casos Especiais); Comunidades;  Crianças e Pessoas Idosas; Juventude; Vocacional, Obras Sociais;  Dízimo; Movimentos e Associações(Renovação Carismática, Apostolado da Oração, Legião de Maria, Irmandade Sta. Gianna etc.).

A Comunidade Mãe está interligada com as Comunidades Menores de Santa Clara, Santa Luzia, Santa Gianna, São João Paulo II e São Vicente de Paulo.

A Igreja Matriz, que está recebendo os últimos detalhes para poder ser considerada  completamente construída, é bela e espaçosa, resultado da dedicação, união e generosidade de muitos fiéis participantes ativos da Comunidade Paroquial e vários benfeitores.

A paróquia têm cinco comunidades: matriz 1 (centro), matriz 2 (centro), São Francisco de Assis (Vila Paulista), São José (Engenheiro Neiva) e Santa Margarida (Vila Brasil).
Padre Mattos permaneceu na paróquia por 13 anos, criou o Seminário Menor Nossa Senhora  Aparecida  e iniciou a construção da nova matriz.

Em 2003, o então arcebispo Dom Aloísio Lorscheider transferiu o Pe. Matos para o Seminário da Arquidiocese e nomeou o Pe. José Ferreira como pároco.  Ele implantou a Pastoral Carcerária e realizou acabamento no Presbitério e na Capela do Santíssimo. Construiu  a torre da igreja matriz,  fundou o Apostolado de Oração, comprou o terreno de São José, reformou a Obra Social  e criou o Centro de Pastoral.

Em 2009, Dom Raymundo Damasceno Assis nomeou o Pe. Vinicius da Silva como terceiro e atual pároco. Desde que assumiu a paróquia, Padre Vinícius já concluiu a terceira parte das obras da Igreja matriz, como a pintura e o piso. Reformou a sacristia e a secretaria,  construiu duas salas na torre para uso pastoral, reforma a cozinha industrial, faz mais banheiros para mulheres e para os homens, construiu  a gruta Nossa Senhora de Lourdes e concluiu a construção das Igrejas de São Francisco e Santa Margarida.

Padre Vinícius também implantou  pastorais como a da Saúde e da Juventude. Na área social reformou e mobiliou a sede da Obra social, criou curso de Inclusão digital, violão,  artesanato, culinária de doces e salgados, karatê e capoeira, plantão psicológico, nova biblioteca. Adquiriu mais uma Kombi e uma saveiro, ampliou a creche que é monitorada por câmaras e  aumentou o quadro de funcionários.

Padre Nelson, assumiu a nova Paróquia em 01 de janeiro de 1991 e enquanto não se tinha a igreja matriz, as missas eram celebradas em um dos salões do J.B. Farias, materiais de construção. Deu-se início, então,  à construção da Igreja, com seis pessoas que se juntaram para limpar o terreno, no final de janeiro de 1991. Depois a obra foi feita em sistema de mutirão.

Os encontros de catequese eram feitas em casas da Comunidade. A primeira coroa de Nossa Senhora foi doada pela esposa de um dos donos do J.B. Farias, para que se fizesse a coroação de Nossa Senhora no dia de sua festa, 13 de maio.

Todas as imagens, São José, Nossa Senhora de Fátima, Rosa Mística, a Cruz com a Trindade Santa esculpida em madeira, os nichos do lado de fora, foram conseguidas, com o esforço do Pe. Nelson e dos padres do Mosteiro dos Santos Anjos, através do senhor Ferdinando Andreatta, já falecido. A igreja ficou inacabada por quatro anos. Não havia a Casa Paroquial.

Todo o material para a construção foi arrecadado através de campanhas. As cadeiras do altar foram compradas através de carnês pagos por grupo de mulheres. Os bancos, da mesma forma. As rifas foram muitas para que se arrecadasse o dinheiro necessário. A mais importante foi a de um carro russo, LADA, em consignação, pois o padre não tinha o dinheiro. A pessoa acreditou e entregou o carro para que fosse pago após a rifa ser vendida, sendo o lucro da paróquia.

E assim, a igreja foi sendo feita, e tudo começou apenas com pessoas se reunindo em finais de semana com um único objetivo: o fortalecimento da comunidade de Nossa Senhora de Fátima, da iniciativa das pessoas e o apoio do pároco da época, ainda Paróquia de São Pedro.